August 11th, 2021

moose, transparent

подробно о дельте

Про дельта-вариант коронавируса, в основном на основе подробного анализа из Британии (ссылка в конце записи).

1. Эта пандемия быстро превращается в дельта-пандемию. Везде, куда попадает дельта-вариант, он быстро вытесняет другие варианты. В Америке больше 85% новых заражений - дельта. В Британии за последнюю неделю июля больше 98% новых случаев - дельта. В Израиле почти наверняка та же картина.

Пояснение: это не абсолютно точные числа, а по выборке проб, которые подвергаются секвенированию или генотипированию. Обычная PCR-проверка не говорит нам, какой это вариант; надо либо определить весь генетический код (секвенирование), либо проверить в нескольких ключевых местах, где мы знаем, как варианты отличаются друг от друга (генотипирование). И то и другое делают лишь для малой части проверок, и очень в разных количествах в разных странах. Но если делать для случайной выборки, то для уверенного опознания трендов очень много и не нужно.

2. Дельта-вариант НАМНОГО более заразный, чем предыдущие. По-видимому, дельта добивается этого с помощью очень большой концентрацией вирусных частиц в дыхательных путях заражающих больных.

3. Очень интересно выглядит сравнение числа ПЦР-циклов в разных местах волны заражений, для дельты и других вариантов. ПЦР-проверка, кроме ответа да/нет, регистрирует также число циклов размножения, которое понадобилось, чтобы обнаружить вирус. Чем меньше циклов, тем больше вирусных частиц было в пробе. У "суперраспространителей" вируса циклов меньше (вируса в носоглотке намного больше), чем у обычных больных. Так вот, до дельты обычным было, что в начале очередной волны среднее число циклов меньше, а потом вырастает. Интуитивно говоря, вначале болезнь распространяют "суперраспространители" и больные, которые особенно легко заражаются. Через какое-то время - недели, месяцы - в пределах досягаемости вируса таких больных меньше или они в сильном меньшинстве; у новых больных число циклов в среднем больше, и они меньше заражают других. Так вот, у "дельты" мы этого не видим: в Британии, например, три месяца подряд циклы остаются низкими. Это как если дельта всех, кого заражает в достаточной мере (есть положительный результат ПЦР-проверки), делает суперраспространителями. Это помогает объяснить скорость распространения дельты и то, как она вытесняет другие варианты.

4. Данные о том, насколько дельта опасна для тех, кто уже заразился и получил положительную проверку - процент тяжелой болезни/смерти - есть, но пока их довольно мало, потому что дельта очень быстро растет и во многих местах прямо сейчас в эти дни начинаются смерти от этой волны (как, например, в Израиле). По данным Британии получается, что дельта опаснее альфы для пожилых (предыдущий доминантный "британский" вариант); на первый взгляд по числам этого не видно, кажется, что меньший процент госпитализаций/смертей, но это потому, что в Британии большинство населения и подавляющее большинство пожилых вакцинировано, и вакцина сильно помогает (об этом ниже). Дмитрий Прусс составил таблицу, по которой видна разница между альфой, дельтой-с-вакциной и дельтой-без-вакцины.



Разница в шансах попасть в больницу/умереть между альфой и дельтой-без-вакцины для людей старше 50 существенна, но не огромна (5.2%->8.5% попасть в больницу, 4.8%->6% умереть). Для людей младше 50 разница незаметна. Эти данные необязательно будут такими же в других странах, они очень зависят от критериев приема в больницу, уровня заполненности здравоохранительной системы, итд. Напомню также, что это шансы попасть в больницу/умереть, если у вас есть положительный ПЦР-тест, многие переболевают в легкой форме или не идут проверяться, реальная смертность от заражения дельтой для >=50 по возрасту, конечно, все-таки ниже, чем 6%.

5. По британским данным есть основания считать, что вакцина значительно помогает от дельты. Вакцина может помочь тремя способами: 1) из-за вакцины у других людей вирус просто не дошел до вас 2) дошел, но из-за вашей вакцины не развился достаточно, чтобы пройти ПЦР-тест и официально заболеть 3) дошел и вы официально заболели, но из-за вакцины избежали тяжелой формы или смерти. В британском анализе речь идет о третьем случае, как вакцина защищает, если вы все-таки заразились, несмотря на вакцину, и официально заболели ("пробивка" вакцины, breakthrough case). Сравнение смертей у возрастов старше 50:

Заболели: две дозы вакцины - 21 тысяча больных, без вакцины - 3400 больных.
После этого смерть в течение 28 дней: две дозы вакцины - 389 смертей, без вакцины - 205 смертей.

Да, больше пожилых умерли с вакциной, чем без нее, в два раза больше - но заболели - в шесть раз больше (из-за того, что невакцинированных пожилых очень мало в населении). Т.е. с вакциной в три раза лучше, чем без нее, если уже известно, что заболел - это не считая того, как она защищает от заболевания.

6. Есть и немного хороших новостей. Мы знаем, какие мутации отличают дельту от других вариантов, и можем оценить, помогают или нет эти мутации избежать иммунной реакции от вакцин (это можно проверять лабораторным образом, хотя полной уверенности это не дает). Так вот, похоже, что дельта НЕ приобретает со временем мутации, помогающие ей убежать от иммунитета (как вакцинного, так и от прошлых заражений). Наоборот, сама дельта отличается от своего родительского варианта в частности тем, что убрала одну такую опасную мутацию, которая снижала эффективность антител (мутация E484Q). Более того, подвиды дельты, в которых присутствуют такие опасные мутации, и которых пару месяцев назад очень опасались, со временем проигрывают "основной" дельте в борьбе за больных и сходят со сцены; это относится, например, к "дельта-плюс" варианту с мутацией K417N.

Почему это происходит? Похоже, дельта - вариант, "заточенный" в первую очередь на быстрое распространение всеми силами. Дельта настолько заразна, что заражает вакцинированных, и часто у них дает все равно огромное присутствие вируса в носоглотке и потенциал заразить других. Потом у вакцинированных иммунная система подтягивается и хорошо убивает дельту, но ей это неважно, она уже получила свой шанс распространиться дальше. Мутации в шиповом белке, которые помогают вирусу лучше избежать внимания антител, одновременно мешают ему эффективно внедряться в клетки - ведь в обоих случаях это происходит из-за специальной формы шипового белка, которую "распознают" и ACE2-рецепторы клеток-жертв, и наши антитела. Я тут сильно упрощаю, все конечно намного сложнее, и насколько я понимаю нет твердого 100%-го закона, что не может быть мутации, и помогающей вирусу внедряться, и мешающей антителам - но на практике снова и снова оказывается так, и на фоне довольно неприятных данных о скорости распространения дельты это чуть-чуть балансирует оптимизмом.

P.S. Большое спасибо Дмитрию Пруссу за ссылку на британские данные и за подробный анализ; у него в ФБ очень много интересного и глубокого о генетике и эпидемиологии коронавируса, рекомендую.

P.P.S. Анализ вариантов из Британии на 6 августа.