?

Log in

No account? Create an account
о исследованиях в биологии - По делам сюда приплыл, а не за этим — ЖЖ [entries|archive|friends|userinfo]
Anatoly Vorobey

[ website | Website ]
[ userinfo | livejournal userinfo ]
[ archive | journal archive ]

Links
[Links:| English-language weblog ]

о исследованиях в биологии [июн. 29, 2018|10:32 am]
Anatoly Vorobey
[Tags|, ]

Вот подробная и полная ярости филиппика о состоянии на данный момент исследований в биологии вообще и борьбы с раком в частности.

Процитирую отрывок, но вообще надо читать всё:
А я спрошу как ученый (все еще в душе ученый): стали ли мы ближе к ПОНИМАНИЮ СУТИ, что такое рак? И я вам отвечу со всей честностью, как человек, который занимается в данный момент раковыми стволовыми клетками: нет. Мы не знали, что такое рак, 50 лет назад, мы точно так же не знаем, что такое рак, сегодня. Ни на йоту мы не продвинулись в том, чтобы ПОНЯТЬ, ЧТО В ОСНОВЕ ПРОЦЕССА. Да, мы скопили миллионы (в буквальном смысле) статей с описанием симптомов, с описанием поведения раковых клеток в лаборатории, и главное - с идентификацией очередного гена, участвующего в каком-нибудь раковой опухоли, который (ген) можно приспособить под эчередную цель для очередного лекарства. У нас даже есть куча умных-умных статей о том, какие именно типа события типа должны произойти, чтобы раковая опухоль появилась. Мы празднуем эти типа достижения, но я вам скажу честно, и готова поспорить с любым, кто не согласен, в комментах. Мы нихрена не понимаем, откуда рак берется и почему. Мы не знаем ответа на самый главный вопрос. Который мог бы положить конец этому празднеству смерти и немощи.

Знаете почему? Потому что мы элементарно не можем сделать клетку раковой в тарелке. Вам, как потребителю, это должно быть понятно. Человек, который разбирается в том, что такое рак, ну уж наверное может взять любую клетку человеческого тела и сделать ее раковой? А нихрена подобного. Мы это не можем. Потому что мы не понимаем, что такое рак. Потому что этот вопрос не ставился никогда. Ставился вопрос: "найдите нам лекарство". Мы нашли вам много лекарств. Вы не просили нас понять, что такое рак. Мы и не понимаем.


Мне очень интересно мнение об этой записи профессионально связанных с этим миром читателей: биологов, врачей-исследователей итд. Расскажите, согласны вы с этим или не согласны, или что еще думаете на эту тему. Спасибо!
СсылкаОтветить

Comments:
[User Picture]From: xaxam
2018-06-29 08:09 am
Капелька философской желчи: а что значит "понимать"? Понимаем ли мы термодинамику идеальных газов из числа-авогадро молекул? хочется сказать, что понимаем, поскольку отказались от идеи прослеживать траекторию каждой молекулы и перешли к описанию ансамблей.

Понимаем ли мы биохимию синтеза белка? хочется сказать, что понимаем, поскольку ДНК-РНК-... и т.д. При этом Громов в своей недавней книжке пишет, что по аминокислотной последовательности белка вычислить его трёхмерную структуру - даже теоретически за пределами вычислительных возможностей, а именно 3D-структура отвечает за то, будет ли белок работать, как надо, или нет. Всё ещё понимаем, или уже знак вопроса?

"Понимание" есть возможность компрессии информации с неизбежным отбрасыванием "несущественного" знания на периферию до такого состояния, что мы сможем найти правильные слова в нашем естественном языке (миллион слов и терминов, с большим запасом), чтобы описать результат. Совершенно не очевидно, что такое возможно в случае биологических систем, оперирующих совершенно другими порядками величин.

Хотя в принципе и не исключено, конечно.
(Ответить) (Thread)
[User Picture]From: muh2
2018-06-29 08:14 am
Вот не просто +, а +++. Собственно хотел то же самое написать.
(Ответить) (Parent) (Thread)
[User Picture]From: xaxam
2018-06-29 08:31 am
Хотелось бы при этом подчеркнуть очевидную оговорку: сами по себе порядки величин ничего не означают. Мы с достаточно большой уверенностью обсуждаем космологические модели, основанные на коротеньких уравнениях Эйнштейна, несмотря на то, что в соответствующей системе участвует несравнимо большее число "частиц".

Мы в межеумочном положении, когда речь идёт о нашей земной климатологии. Решить всю систему уравнений гидро- и аэродинамики в комплекте с описанием химических и физико-химических процессов в принципе невозможно, учитывая экспоненциальную неустойчивость и недостаточность начальных данных (да и некоторые из процессов мы так себе понимаем, прямо скажем). Тем не менее что-то происходит на уровне понимания, - выделены сценарии, которые you know it when you see it (циклоны,эль-ниньо и пр.), динамика которых не сводится к микроописанию, но доступна нам на основании опыта и общих соображений. В какой-то момент среднесрочное предсказание климата окажется на уровне политологии, когда разные гуру будут на основании своих "внутренних" моделей предсказывать разный результат того, что будет, если нынешний эль-ниньо налетит на континент раньше, чем предполагалось.

А вот в биологии, кажется, до такого уровня ещё довольно далеко, хотя имена для некоторых явлений (тот же апоптоз, скажем) уже придуманы и отполированы в обсуждениях. Если вратарь угадал и бросился в нужный угол ворот, может быть, изучение (экспериментальное, а не биохимическое) законов апоптоза что-то нам позволит понять.
(Ответить) (Parent) (Thread) (Развернуть)
[User Picture]From: vels
2018-06-29 08:17 am
Да, везде похожая история.
Даже в теоретической физике.
Понимаем ли мы что такое свет?
Вроде бы понимаем, но замедление света в стекле обьяснить не можем...
(Ответить) (Parent) (Thread)
[User Picture]From: xaxam
2018-06-29 08:33 am
>>> замедление света в стекле обьяснить не можем...

Это всё же кажется (со стороны, конечно!) более простой проблемой.

Хотя и спектр абсолютно чёрного тела в конце 19 века казался технической проблемой ;-)
(Ответить) (Parent) (Thread) (Развернуть)
[User Picture]From: kray_zemli
2018-06-29 08:38 am
Ну не то, чтобы совсем не можем. Поляритоны же.
(Ответить) (Parent) (Thread)
[User Picture]From: the_toad
2018-06-29 10:42 am
Вы знаете, как я вас уважаю, но вы ничего не донимаете! Вы не знаете, что такое свет гусь!
(Ответить) (Parent) (Thread)
[User Picture]From: nomen_nescio
2018-06-29 08:49 am
"Понять - значит упростить".
(Ответить) (Parent) (Thread)
[User Picture]From: xaxam
2018-06-29 10:48 am
Гланое - самому не слишком опроститься 🤐
(Ответить) (Parent) (Thread)
[User Picture]From: the_toad
2018-06-29 09:59 am
по аминокислотной последовательности белка вычислить его трёхмерную структуру - даже теоретически за пределами вычислительных возможностей

У меня есть завиральная идея, что конформационный анализ белков надо проводить не по готовому белку, а по цепочке его синтеза постадийно. Дарю всем желающим. А нежелающих догоню, и тоже подарю.

ЗЫ: впрочем, я достаточно умён, чтобы видеть в этой идее слабые места. Скажем, я могу предсказать ситуации, когда это не сработает. Хуже того, я могу предсказать ситуации, когда будет непонятно, могу ли я предсказать ситуации ;-)

Edited at 2018-06-29 10:01 (UTC)
(Ответить) (Parent) (Thread)
[User Picture]From: efix
2018-06-29 10:19 am
А вот тут говорят что просчитать третичную структуру по аминокислотной последовательности по силам.
https://caenogenesis.livejournal.com/98237.html (последний абзац)

В комментариях тоже не возражают.

"Очень важный биологический факт состоит в следующем: зная первичную структуру белка (то есть аминокислотную последовательность), теоретически можно точно предсказать его пространственную структуру всех уровней. Это достаточно успешно делается методами биофизики и биоинформатики. Иными словами, зная аминокислотную последовательность, мы тем самым получаем полную информацию о белке: при данной последовательности он, как правило, сворачивается всегда совершенно одинаково."
(Ответить) (Parent) (Thread) (Развернуть)
From: Toi Samyi
2018-06-29 05:51 pm

надо определиться с терминами

синтеза белка (био) это да, ДНК - РНК - процессинг - рибосома, фолдинг (процессинг)- фолдинг (может быть) А может и не быть, может быть и без процессинга и без фолдинга.
А вот "работать" - это уже свойства. Это не синтез (био)
И с другой стороны "вычислить его трёхмерную структуру" - это анализ, но не синтез и не свойства.

Вот так и по сабжу. Каждый о чем-то своём ...
(Ответить) (Parent) (Thread)
From: nukakzetak
2018-06-29 08:06 pm
Мудрейший xaxam, зачем же умничать на пустом месте? Там довольно ясно сказано, что механизм возникновения рака не понят до сих пор. И автор этим очень недоволен, поскольку считает этот пробел существенным, несмотря на создание лекарств и пр. . В этом контексте его фраза "мы не понимаем, что такое рак" является просто художественным преувеличением и не следует понимать это буквально.

Edited at 2018-06-29 20:07 (UTC)
(Ответить) (Parent) (Thread)
[User Picture]From: deadkittten
2018-06-30 03:35 pm
Вот да.
Кажется, у flying_bear было упоминание, что в физике до сих пор нет теории трения (было несколько, но они опровергнуты). Тем не менее, механике отсутствие "понимания, что такое трение" никак не мешает.
(Ответить) (Parent) (Thread)
From: victormi
2018-07-04 07:41 am

Сковорода

Кажется это Сковорода сказал, что надо благодарить господа бога за то, что он сделал всё нужное не сложным, а всё сложное не нужным.

Понятно, что в этом преувеличение, но хочется верить, что Сковорода в основном прав.
(Ответить) (Parent) (Thread)