Category: коронавирус

Category was added automatically. Read all entries about "коронавирус".

moose, transparent

о переболевших

Дает ли где-то израильский минздрав данные о заболеваниях/тяжелых случаях/смертях среди переболевших ковид-19? Разбивку по статусу вакцинации они теперь дают, но "выздоровевшие" там не проходят как отдельная категория.

Все больше вижу споров о том, сильнее "естественный" иммунитет после того, как переболел ковидом, или иммунитет от прививки. И вроде бы в Израиле должны быть все данные на примере целой страны, но где они?
moose, transparent

индия и смертность

Я узнал недавно, что оказывается летом этого года, когда в Индии спала гигантская волна дельта-коронавируса, там оценили серопревалентность по всей стране (наличие антител в крови) и обнаружили у огромной части населения. У 62% всего населения не считая вакцинированных были антитела, а среди населения 45 и старше у 77% были антитела. По-видимому, именно количество переболевших привело к спаду волны. При этом в Индии очень мало на тот момент было вакцинированных (5% с двумя дозами на конец июня).

Возможно, это позволяет сделать грубую оценку "худшего варианта" с коронавирусом? Я тут не столько утверждаю или пересказываю, сколько рассуждаю вслух. Я хочу оценить, сколько смертей можно ожидать от коронавируса, если все или почти все население им переболеет, без вакцин. Меня устроит очень грубая оценка, с точностью до 20-30%. Но чтобы применять индийские оценки к другим странам, нужно как минимум делать поправку на возраст населения, потому что это главный фактор в смертности от ковида. От 80% смертей и выше приходится на людей старше 65 (по-разному в разных странах). Поэтому я притворюсь, что вообще вся смертность приходится на эту группу населения, и буду учитывать ее размер.

В Индии 1.3 миллиарда человек, из них 6.5% старше 65, это 85 миллионов человек. По официальной статистике в Индии умерло от ковида 450 тысяч человек, но все понимают, что это сильно занижено. Я нашел несколько статей, оценивающих смертность по разным другим сигналам: общей смертности из нескольких штатов, опросов населения, данных из больниц. Одна статья дает оценку в 2.7 миллиона, другая в 2.7-3.3 миллиона. Давайте скажем 2.7 миллиона смертей, и мы притворяемся, что все они из 85 миллионов пожилого населения, это 3%. Заодно притворяемся ("в другую сторону"), что не 77%, а все 100% уже переболели и больше не заболеют, и игнорируем вакцинированных.

Короче, моя очень грубая оценка: в стране без вакцин, если коронавирус никак не сдерживать и он полностью проходит по всему населению, то результатом будет смерть 3% людей старше 65.

Например, в Израиле в два раза больше пожилых, чем в Индии: не 6%, a 11% населения. Это миллион человек. Если моя оценка верна, примерно 30 тысяч из них умерли бы в случае полного распространения коронавируса по всему населению без вакцин. Реально в Израиле умерло от коронавируса под 8 тысяч человек. Разумеется, теперь мы уже ожидаем, что вариант в 30 тысяч невозможен, потому что почти все пожилые люди привиты. В США примерно 16% населения миллионов старше 65, и это 54 миллиона человек, их "худший вариант" это 3.5 миллиона смертей, реальная смертность приближается к 700 тысячам.

Еще раз отмечу, что речь идет об очень грубой оценке, очевидно, что умирают и люди младше 65, и кое-где много, но все-таки их вклад в число смертей 20% или меньше (а учитывая, что их намного больше, чем пожилых, их риск в десятки раз меньше, чем у пожилых, и понятно, что он не однороден, есть дополнительные факторы риска итп.) Я также игнорирую "длинный ковид", и спрашиваю себя только, какой верхний потолок (примерно) самой большой опасности от коронавируса без вакцин и действенных лекарств.
moose, transparent

о мемах и пустоте

В последнее время мне все время попадаются коллажи постов из соц. сетей, в виде скриншотов с закрашенными фамилиями, по-английски, которые выглядят так: сначала кто-то пишет или репостит какую-то обычную глупость против вакцины или о том, что коронавирус фейк, потом о том, что он себя плохо чувствует, потом о том, что в больнице, потом пост от друга или члена семьи о том, что он умер от ковида.

При том, насколько я за то, чтобы все прививались, и при том, насколько раздражают идиотские теории заговора, итд. итп. - как мне неприятно всякий раз видеть эти подборки и смешки на эту тему в очередном перепосте...

Сегодня в твиттере мне опять попался один такой пост, и вдруг стало интересно проверить, а может, это в свою очередь фейк, ведь составить такое просто, а проверить нет, фамилии все закрашены. Но там внутри один из скриншотов был репост из группы в фейсбуке про "ковид фейк", и я нашел эту группу и доскроллил до нужной даты и нашел эту запись и посмотрел на ее репосты и так нашел человека, о котором речь. Нет, не фейк, все так и есть, женщина 53 лет из Северной Каролины, репостила кучу всякой потрясающей мути про коронавирус (плюс сотни или тысячи всяких мемов, картинок, видео - реально много десятков постов каждый день), потом о том, что болеет, итд. Друзей в ФБ у нее мало, на посты о болезни где-то 5-6 комментариев, на пост подруги о ее смерти тоже примерно столько же, но все реальные люди. Не знаю, как те кто делают подобные подборки, находят такие случаи, ну да ладно.

ФБ-стенка этой несчастной покойной женщины - потрясающий поток мусорных мемов, виральных видео, пустых лозунгов, которые ей понравились и она репостила, и посреди всего этого всякие возмущенные перепосты про фейк-ковид, иногда со своими комментариями, чаще без. И вот смотрел я на все это, и мне хотелось понять, как до этого доходят, и я стал мотать назад, назад и еще назад, десятки и сотни страниц, сквозь все эти мемы и лозунги.

И домотал до постов, где она упоминает об умершем полгода назад муже, поискал информацию о нем (иногда мне кажется, что я уже на автомате ищу информацию информацию информацию, куда больше, чем нужно или полезно), и нашел заброшенный блог, этой же женщины, где она 4 месяца назад написала несколько записей о том, как не может прийти в себя и никогда не придет в себя после смерти мужа (не от ковида). О том, как все обычные слова и клише звучат пусто и дико и никак не могут передать это абсолютное ощущение пустоты и падения, с которым она просыпается каждый день. И еще и еще и еще. Несколько записей в никем не замеченном (наверное) и заброшенном блоге, ноль комментариев...

"If I say I’m grieving… it just doesn’t explain how I’m feeling….. To say I am sad… makes it sound so meaningless. To say that I miss my husband … leaves no essence of reality…… How I feel is something that I cant explain to show how raw my emotions is. This is not something that can heal. This is not something that time can erase. This is the most lost, desolate, hopeless feeling that I’ve ever had to endure. I make it each day without knowing where the seconds and minutes went to. I toss and turn at night…. then the whole scenario replays itself the next day. It feels like I am waiting…. but I don’t know what for. I long to hear my husband’s voice or his touch….but he’s not here. I go to call him then realize he’s not going to pick up. This lonely, empty feeling of being lost and I honestly don’t know if it will ever go away."

R.I.P.
moose, transparent

австралийская борьба с ковидом

Потрясающие новости из Австралии.

"Начиная с 13 сентября, те жители Нового Южного Уэльса (самый большой штат Австралии), которые полностью провакцинировались против ковид-19, получат новые свободы. Жители "горячих точек" смогут выходить из дома на один дополнительный час для развлечений (вдобавок к одному часу, который им разрешен для занятий спортом). Жителям других районов, если они вакцинированы, разрешат собираться группами до пяти человек на открытом воздухе."

https://twitter.com/9NewsSyd/status/1430707532134236163
moose, transparent

про корону

1. Сделал серологическую проверку на количество антител и сразу после этого - третью прививку Пфайзера. Результаты серологической проверки будут завтра. Немножко дорогое удовольствие это тут ($90), нафиг мне это нужно неясно, просто из любопытства. Я абсолютно ничего не чувствовал после первой и второй прививок полгода назад, так что любопытно, что там происходит с антителами.

2. В прошлой записи меня спросил кто-то, что я лично делаю, чтобы предостерегаться от варианта дельта и новой волны в Израиле, я там не ответил, отвечу здесь. Я не делаю ничего особенного кроме прививок и того, что обязан по закону. Я привился в феврале, как только стало возможно, и укололся третьей дозой сейчас, как только стало возможно. По статистике на данный момент, мне кажется логичным (не уверен на 100%, но логичным), что для привитых мРНК-вакцинами, Пфайзером или Модерной, дельта-вариант коронавируса опасен примерно как серьезный грипп. Это так даже для пожилых (которые нередко умирают от серьезного гриппа), для среднего возраста; для детей коронавирус еще намного менее опасен, чем грипп. Если это не так и смертность от дельта-варианта для привитых намного больше, чем от гриппа, мы скоро это узнаем, но пока что непохоже на это.

(Думаю, АстраЗенека, Джонсон и Спутник тоже хорошие вакцины, но насчет их защиты от серьезной болезни/смерти в случае дельты у меня нет таких подробных данных и сравнений, как с Пфайзером за последние 2 месяца в Израиле).

Мне кажется, это дает надежду на будущее и нормальный сценарий возвращения к нормальной жизни. От гриппа до 2020 года я особенно не предостерегался, хотя разумеется не ходил на работу больным и старался не находиться без нужды рядом с больными. Сейчас я ношу маску там, где полагается (в закрытых помещениях), но только строго там, где полагается, и даже это не считаю чем-то необходимым для себя лично. Не вижу проблемы для себя с тем, чтобы ходить в спортзал, пойти в кино, быть где-то, где много людей. Пожилым людям и особенно в группах риска я бы посоветовал вести себя осторожнее, но все равно не сидеть дома взаперти.

(Да, кроме риска серьезной болезни и смерти надо еще упомянуть риск "длинного ковида". Я не забываю о нем, но одновременно нет уверенности, что он существует в более значительной мере, чем вообще обычные последствия тяжелой инфекционной болезни, которые у определенного процента переболевших включают в себя длительную слабость итд. Из-за супер-интенсивного внимания именно к ковиду трудно сейчас понять, мне кажется, истинную роль и опасность "длинного ковида", но в принципе да, это одна из причин, по которым я все же не жажду и не стремлюсь подхватить коронавирус - просто не настолько, чтобы отчаянно от него предостерегаться).

3. С полгода назад я прочитал у кого-то в твиттере сентенцию в духе "каждая страна, сохранившая хоть толику здравого смысла, обязана сейчас работать над собственным производством мРНК-вакцин", и с тех пор не перестаю об этом думать. Почему Израиль, например, остается привязанным к прихотям Пфайзера, и не заводит собственную программу разработки и производства мРНК-вакцин, мне совершенно непонятно. По-моему, это яркий пример институционного застоя, о котором я писал несколько раз. И то же самое касается любой другой западной страны, где есть достаточно специалистов в нужных областях биологии, фармакологии и медицины.

Еще в мае американцы заявили, что не собираются преследовать никого за нарушение патентов на эти вакцины (но даже если бы этого заявления не было, все равно правильно было бы наплевать на патенты и делать программу). Лучший аргумент, что я знаю, почему НЕ надо делать это, предложил Дерек Лоу в своем блоге: если вкратце, это не просто мРНК, там супер сложные липидные наночастицы, сложное оборудование, реагенты, которых и так глобально не хватает, итд. итп. Дерек Лоу знает о фармакологии все, а я ничего, но меня это все равно не убеждает. Как-то ухитрились в Израиле в свое время сделать атомную бомбу, а там тоже, знаете ли, оборудование сложное, с реагентами неплохо, и много чего в справочниках не прочитаешь. Даже если это займет год или два, надо начинать сейчас, а точнее год назад. Сейчас кажется весьма вероятным, что возможность создавать мРНК-вакцины по своему усмотрению будет потрясающе важной не на год и не на два, а на поколения в будущее.
moose, transparent

подробно о дельте

Про дельта-вариант коронавируса, в основном на основе подробного анализа из Британии (ссылка в конце записи).

1. Эта пандемия быстро превращается в дельта-пандемию. Везде, куда попадает дельта-вариант, он быстро вытесняет другие варианты. В Америке больше 85% новых заражений - дельта. В Британии за последнюю неделю июля больше 98% новых случаев - дельта. В Израиле почти наверняка та же картина.

Пояснение: это не абсолютно точные числа, а по выборке проб, которые подвергаются секвенированию или генотипированию. Обычная PCR-проверка не говорит нам, какой это вариант; надо либо определить весь генетический код (секвенирование), либо проверить в нескольких ключевых местах, где мы знаем, как варианты отличаются друг от друга (генотипирование). И то и другое делают лишь для малой части проверок, и очень в разных количествах в разных странах. Но если делать для случайной выборки, то для уверенного опознания трендов очень много и не нужно.

2. Дельта-вариант НАМНОГО более заразный, чем предыдущие. По-видимому, дельта добивается этого с помощью очень большой концентрацией вирусных частиц в дыхательных путях заражающих больных.

3. Очень интересно выглядит сравнение числа ПЦР-циклов в разных местах волны заражений, для дельты и других вариантов. ПЦР-проверка, кроме ответа да/нет, регистрирует также число циклов размножения, которое понадобилось, чтобы обнаружить вирус. Чем меньше циклов, тем больше вирусных частиц было в пробе. У "суперраспространителей" вируса циклов меньше (вируса в носоглотке намного больше), чем у обычных больных. Так вот, до дельты обычным было, что в начале очередной волны среднее число циклов меньше, а потом вырастает. Интуитивно говоря, вначале болезнь распространяют "суперраспространители" и больные, которые особенно легко заражаются. Через какое-то время - недели, месяцы - в пределах досягаемости вируса таких больных меньше или они в сильном меньшинстве; у новых больных число циклов в среднем больше, и они меньше заражают других. Так вот, у "дельты" мы этого не видим: в Британии, например, три месяца подряд циклы остаются низкими. Это как если дельта всех, кого заражает в достаточной мере (есть положительный результат ПЦР-проверки), делает суперраспространителями. Это помогает объяснить скорость распространения дельты и то, как она вытесняет другие варианты.

4. Данные о том, насколько дельта опасна для тех, кто уже заразился и получил положительную проверку - процент тяжелой болезни/смерти - есть, но пока их довольно мало, потому что дельта очень быстро растет и во многих местах прямо сейчас в эти дни начинаются смерти от этой волны (как, например, в Израиле). По данным Британии получается, что дельта опаснее альфы для пожилых (предыдущий доминантный "британский" вариант); на первый взгляд по числам этого не видно, кажется, что меньший процент госпитализаций/смертей, но это потому, что в Британии большинство населения и подавляющее большинство пожилых вакцинировано, и вакцина сильно помогает (об этом ниже). Дмитрий Прусс составил таблицу, по которой видна разница между альфой, дельтой-с-вакциной и дельтой-без-вакцины.



Разница в шансах попасть в больницу/умереть между альфой и дельтой-без-вакцины для людей старше 50 существенна, но не огромна (5.2%->8.5% попасть в больницу, 4.8%->6% умереть). Для людей младше 50 разница незаметна. Эти данные необязательно будут такими же в других странах, они очень зависят от критериев приема в больницу, уровня заполненности здравоохранительной системы, итд. Напомню также, что это шансы попасть в больницу/умереть, если у вас есть положительный ПЦР-тест, многие переболевают в легкой форме или не идут проверяться, реальная смертность от заражения дельтой для >=50 по возрасту, конечно, все-таки ниже, чем 6%.

5. По британским данным есть основания считать, что вакцина значительно помогает от дельты. Вакцина может помочь тремя способами: 1) из-за вакцины у других людей вирус просто не дошел до вас 2) дошел, но из-за вашей вакцины не развился достаточно, чтобы пройти ПЦР-тест и официально заболеть 3) дошел и вы официально заболели, но из-за вакцины избежали тяжелой формы или смерти. В британском анализе речь идет о третьем случае, как вакцина защищает, если вы все-таки заразились, несмотря на вакцину, и официально заболели ("пробивка" вакцины, breakthrough case). Сравнение смертей у возрастов старше 50:

Заболели: две дозы вакцины - 21 тысяча больных, без вакцины - 3400 больных.
После этого смерть в течение 28 дней: две дозы вакцины - 389 смертей, без вакцины - 205 смертей.

Да, больше пожилых умерли с вакциной, чем без нее, в два раза больше - но заболели - в шесть раз больше (из-за того, что невакцинированных пожилых очень мало в населении). Т.е. с вакциной в три раза лучше, чем без нее, если уже известно, что заболел - это не считая того, как она защищает от заболевания.

6. Есть и немного хороших новостей. Мы знаем, какие мутации отличают дельту от других вариантов, и можем оценить, помогают или нет эти мутации избежать иммунной реакции от вакцин (это можно проверять лабораторным образом, хотя полной уверенности это не дает). Так вот, похоже, что дельта НЕ приобретает со временем мутации, помогающие ей убежать от иммунитета (как вакцинного, так и от прошлых заражений). Наоборот, сама дельта отличается от своего родительского варианта в частности тем, что убрала одну такую опасную мутацию, которая снижала эффективность антител (мутация E484Q). Более того, подвиды дельты, в которых присутствуют такие опасные мутации, и которых пару месяцев назад очень опасались, со временем проигрывают "основной" дельте в борьбе за больных и сходят со сцены; это относится, например, к "дельта-плюс" варианту с мутацией K417N.

Почему это происходит? Похоже, дельта - вариант, "заточенный" в первую очередь на быстрое распространение всеми силами. Дельта настолько заразна, что заражает вакцинированных, и часто у них дает все равно огромное присутствие вируса в носоглотке и потенциал заразить других. Потом у вакцинированных иммунная система подтягивается и хорошо убивает дельту, но ей это неважно, она уже получила свой шанс распространиться дальше. Мутации в шиповом белке, которые помогают вирусу лучше избежать внимания антител, одновременно мешают ему эффективно внедряться в клетки - ведь в обоих случаях это происходит из-за специальной формы шипового белка, которую "распознают" и ACE2-рецепторы клеток-жертв, и наши антитела. Я тут сильно упрощаю, все конечно намного сложнее, и насколько я понимаю нет твердого 100%-го закона, что не может быть мутации, и помогающей вирусу внедряться, и мешающей антителам - но на практике снова и снова оказывается так, и на фоне довольно неприятных данных о скорости распространения дельты это чуть-чуть балансирует оптимизмом.

P.S. Большое спасибо Дмитрию Пруссу за ссылку на британские данные и за подробный анализ; у него в ФБ очень много интересного и глубокого о генетике и эпидемиологии коронавируса, рекомендую.

P.P.S. Анализ вариантов из Британии на 6 августа.
moose, transparent

(no subject)

Вот график смертей от коронавируса в России по дням за последние месяцы. Обратите внимание на длинный
прямой участок в самом конце.



Вот количество смертей за день за последние 11 дней:

798, 799, 794, 792, 789, 785, 788, 790, 794, 792, 793

Длительные колебания в пределах 1-2% от абсолютной величины кажутся весьма нехарактерными для количества смертей. Я просмотрел штук 20 графиков смертей разных стран на https://www.worldometers.info/coronavirus/ и ни на одном нет ничего подобного.

(может, я проговариваю очевидное, но наверное не все это понимают: когда колебания в промежутке длиной 15 около величины в 800 смертей, это несравнимо более подозрительно, чем если бы они колебались в таком же промежутке вокруг 100 смертей).

Что вы видите на этом графике? Я вижу количество смертей, которое по какой-то странной причине очень, очень не хочет перейти отметку в 800. Как будто кому-то очень не хочется о переходе этой границы отчитываться.
moose, transparent

новые данные из израиля

Минздрав Израиля выкатил новые данные с разбивкой больных и тяжелобольных по статусу вакцинации и возрастам.

Вот сводная таблица, где все названия переведены с иврита на русский усилиями Дмитрия Аксельрода (нажмите, чтобы увидеть в полном размере). Это данные на вчера:

data2.jpg

Попытка учесть в данных процент привитых в данном возрастном срезе сделана в числах "на 100k", подробно это объяснено на картинке.

На следующей картинке показано развитие числа тяжелобольных за последний месяц; верхняя кривая "полностью привитые", ниже ее "непривитые" и самая нижняя "одна прививка из двух". Здесь не учитывается процент привитых.

data3.jpg

Наконец, Евгений Мерзон, врач-исследователь из больничной кассы "Леумит", написал о недавних исследованиях работоспособности вакцины в фейсбуке, процитирую оттуда (самих научных статей еще нет, как я понимаю, и я их не читал):

"Наше первое исследование показало, что рост заражаемости COVID-19, в Израиле связан с тем, что прививка Пфайзер-Бионтек, с временем сильно теряет свой защитный эффект. На данный момент, шансы заразиться у тех, кто привился более полугода назад, по сравнению с теми, кто привился менее полугода назад, выше в два с половиной раза. Причём эта разница консистентна, практически во всех возрастных группах."
moose, transparent

о грамотном отношении к статистике

Вот например такое выступление на Твиттере (перевод ниже):



"Примерно две трети людей, погибших в автокатастрофах в Британии, были пристегнуты, несмотря на то, что вообще-то ремнями безопасности пользуются почти 99%.
Это не значит, что ремни безопасности не работают.
Можно вот как это объяснить.
Один процент не-пристегивающихся отвечает за непропорционально огромные 33% жертв.
#ремниработают"

Это написал некий английский биолог-математик и автор популярных книг о математике.

Если вы подумали, что это не совсем о ремнях безопасности, то вы конечно правы. Это аналогия, которая должна объяснить, почему вакцины от ковид-19 работают, несмотря на то, что вакцинированные тоже заболевают и умирают. Если большинство населения (а среди группы риска - подавляющее большинство населения) привиты, и есть смерти в том числе среди привитых, но их процент намного меньше, чем процент привитых - это как 66% смертей пристегнуты, хотя 99% пристегиваются. В Англии сейчас действительно вроде выглядит так, и во многих местах в Америке (а вот в Израиле данные в последние месяц-полтора далеко не так однозначны, но не будем сейчас об этом, сложный вопрос).

Так вот что я хочу сказать. Когда я читаю этот твит, процитированный выше -- я не знаю, что вы думаете, когда его читаете, но могу сказать, что думаю я -- моя первая и немедленная мысль это "но как насчет искажающих факторов"? Под этим я имею в виду ту простую, казалось бы, мысль, что мы не знаем, насколько презрение к ремням коррелирует с склонностью к авариям, и насколько этот искажающий фактор влияет на статистику. Если предположить, что пристегивающиеся водители едут очень осторожно, а непристегивающиеся наоборот потрясающе безобразно, то вполне можно получить такие проценты, даже если ремни вообще ничего не делают. Мы не можем судить о том, что "#ремниработают" на основании этих цифр. Я не говорю, что они не работают - есть другие аргументы, например крэш-тесты с манекенами итд. Я понимаю, что запустить слепой рандомизированный эксперимент с ремнями на живых людях не очень практичная идея, но тем не менее манекены помогают нам это изучать. Но сказать "1% непристегнутых отвечают за 33% жертв и это показывает, что ремни работают", это элементарная неграмотность в работе с данными.

Это все должны понимать. Это должно быть первым, о чем образованный человек, стремящийся понять мир, думает, когда читает этот твит. Вместо этого ни автору (математику, биологу, популяризатору), ни десяткам комментаторов (кроме одного - я промотал реально все ответы, чтобы проверить) это вообще не пришло в голову, по-видимому.

Это меня огорчает.

P.S. В применении к вакцинам - основой нашей уверенности в том, что вакцины работают, должны быть рандомизированные испытания (RCT), в которых их проверяли, и которые снимают (почти) все вопросы про искажающие факторы. Без этого одни только проценты того, сколько вакцинированных среди умерших в сравнении с долей в населении - все равно подлежит тем же сомнениям, что и в случае с ремнями: есть ли связь между отказом от вакцины и более рискованным поведением? есть ли связь между отказом от вакцины и состоянием здоровья, которое коррелирует с плохим прогнозом тяжелого ковид-19? Итд. итп. Опыт учит нас тому, что если есть шанс на то, чтобы искажающие факторы дали нам ложную картину мира, в какой-то степени они это неизбежно делают, и в какой - очень трудно оценить априори, и даже экспертные оценки часто оказываются неверными.
moose, transparent

о новой волне в израиле

(эта запись может быть интересна в основном израильтянам)

Сегодня наконец израильский минздрав соизволил выдать данные о том, какая именно разбивка по возрастной группе и статусе вакцинации у госпитализированных больных/тяжелобольных/больных на ИВЛ. Не знаю, было ли это где-то еще, кроме телеграм-канала минздрава, так что я на всякий случай выложил на свой драйв и даю ссылку.

У меня пока нет далеко идущих выводов из этой информации, надо подумать; я все еще очень зол из-за того, что ее не было каждый день последние полгода или год.