Category: медицина

Category was added automatically. Read all entries about "медицина".

moose, transparent

корона в питере

Как-то все очень хреново в Питере, похоже.

В "нековидной" больнице Петербурга 44 пациента и 34 сотрудника заболели коронавирусом. Врачи тайком просят у волонтеров средства защиты

И комментарий от бывшего врача там:

"Заведующая первой кардиологии - на ИВЛ, на ЭКМО, состояние крайне тяжелое. Заведующая гастроэнтерологией (чудесная и любимая Ф.Ц., которая меня лечила от обострения язвы) - еле выкарабкалась после пневмонии, приходит в себя дома. Зав. 2 травмы и его зам. - тоже самое. Врач-психиатр - на вентиляции легких. Вторая нейрохирургия - практически все врачи заболели. Одна рентген-лаборантка скончалась. И еще, и еще, и еще... до 60 процентов врачей и медсестер вышли из строя.
А начальство? Запрещает об этом рассказывать, запрещает принимать от волонтеров защитную амуницию, запрещает, запрещает и запрещает... И что самое ужасное - все, кроме одного доктора (араба!!) - молчат. Их убивают, а они молчат. Причем я же знаю, это не совсем трусость-то. Это ложно понимаемая идея профессиональной замкнутости, кастовой солидарности. Но именно что - ложно понимаемая.
Формально больница "чистая", то есть короны там нет. Фактически это означает, что медики работают без защиты, больные не проходят тестирование, температура и кашель - "а, подумаешь, ОРВИ". В отчетах все прекрасно. Больница вслед за многими другими превращена в огромную биологическую бомбу."
moose, transparent

открытая запись

Если хотите спросить меня или других посетителей о чем-то, предложить что-то, поговорить, поделиться итд. - это тут в комментах.

Открытые записи случаются более-менее регулярно раз в две недели по четвергам.

Сегодня вечером, в 22:00 по Израилю (22:00 Москва, 20:00 Лондон, 15:00 Нью-Йорк), буду сидеть в Зуме по адресу https://zoom.us/j/88675915426, в течение часа или больше, по обстоятельствам. Если хотите меня о чем-то спросить или просто поговорить, заходите. Знакомство необязательно. Я предлагаю поговорить, помимо прочего, о том, как дети учатся математике и как им в этом помогать. Но и все другие темы тоже welcome, включая даже коронавирус.
moose, transparent

об экспертах

Кратко и точно сказано (из фейсбука):

"От вирусологов и инфекционистов требуют точный ответ: что делать и когда все это безобразие кончится. Они честно отвечают что пока что ничего не понятно и все станет ясно именно когда все закончится, но когда это будет никто не может предсказать.
А вот наглые дилетанты всегда готовы ответить. У них есть и «работающие модели» и «надежные методы лечения». Только модели ничего не предсказывают а лечение не помогает.
Это общий принцип: чем более квалифицированный человек, тем лучше он осознаёт масштаб неизвестного и невозможность серьезных предсказаний. Самый надежный способ осознать «насколько мало я и мы все знаем» это прочитать курс лекций для студентов по этой теме. Вот тогда ты будешь полностью понимать всю бесконечность неизведанного и ничтожный масштаб известного.
А вот люди которые нахватались вершков в паре книжек и постов «экспертов» абсолютно уверены в своей правоте: «ведь это все очевидно!»"
moose, transparent

итальянская статистика

В Италии сделали новый выпуск статистики по смертям (о прошлом я писал здесь), и на этот раз, как я надеялся, они дали данные по всем (почти) общинам страны, а не только тем, где смертность повысилась на 20% в сравнении с прошлыми годами - это изначально казалось очень странной стратегией. "Почти" потому что все равно только около 90% населения включены в эти данные, из-за того, что оставшиеся общины до сих пор не подключены к центральной системе отчетности по смертям ANPR. В Италии есть 7904 общин, из которых 6686 в этой системе, и по ним дали полные данные по ежедневной смертности с 1 января до 31 марта этого года. А за прошлые года есть по всем 7904 общинам.

Главный CSV-файл для анализа в этом архиве: https://www.istat.it/it/files//2020/03/Dataset-decessi-comunali-giornalieri-e-tracciato-record.zip. Есть еще отчет по-итальянски со всякими графиками, если кому интересно: https://www.istat.it/it/files//2020/05/Rapporto_Istat_ISS.pdf.

Напомню, что есть также сайты за прошлые годы, где можно посмотреть общую смертность за каждый месяц по всей Италии или отдельно по регионам/провинциям/общинам, они выглядят так:
http://demo.istat.it/bilmens2019gen/index.html http://demo.istat.it/bilmens2018gen/index.html итд. За 2020-й такого естественно нет, надо анализировать данные в CSV-файле.

Я не собираюсь долго анализировать, уже нет, мне кажется, особого смысла, но сделал общие суммы для сравнения. Вот кол-во смертей по всей стране в 2020 и прошлых годах, сначала по первым трем месяцам, потом отдельно по марту. Это, еще раз повторю, покрытие 90% населения страны, но выборка исключительно по признаку "находится или нет в централизованной системе отчетности", а не как раньше, по более высокой смертности. Суммы за 2020 и 2016 год не включают 29 февраля.

1 января - 31 марта:
2015: 163172
2016: 144117
2017: 164493
2018: 158138
2019: 159271
2020: 174037

(Update: я исправил эти цифры, они по ошибке раньше включали также данные за 1-15 апреля по тем общинам, где такие были. Поскольку таких общин только 57%, я решил их
не включать).

1 матра - 31 марта:
2015 March: 51751
2016 March: 48619
2017 March: 48352
2018 March: 50821
2019 March: 50335
2020 March: 74644

Какие из этого можно сделать выводы?

1. За первые три месяца 2020 есть прирост примерно в 17 тысячи смертей относительно среднего за прошлые годы, и он с лихвой объясняется данными за март, так что с большой вероятностью это все коронавирус или связанные с ним смерти (с лихвой потому, что в январе-феврале в 2020 как раз очень низкая смертность в сравнении с прошлыми годами - возможно, очень легкая эпидемия гриппа).

2. В марте 2020 есть прирост смертей в полтора раза относительно прошлых лет, 24 тысячи дополнительных смертей. В апреле ожидаю примерно столько же. Это по всей стране, включая те провинции, где коронавируса вообще нет или очень мало, напомню - и это большая часть страны. В Ломбардии прирост намного намного больше, его можно отдельно вычислить.

3. Официальное число смертей от короны в Италии на 31 марта было примерно 12 тысяч. Если почти весь прирост в этих цифрах - смертность от коронавируса в марте (мне кажется вероятным, но можно не соглашаться), то это указывает на то, что смертность занижена примерно в два раза, т.е. где-то половина смертей не попадает в статистику.

4. За апрель в целом умерло примерно столько же людей от коронавируса, сколько за март по официальной статистике, если процент занижения будет примерно такой же, то можно ожидать еще примерно 23 тысячи прироста в апреле, когда эти цифры появятся. Пока есть только до 15 апреля и только у большей части общин, не у почти всех. Поэтому я за апрель не стал сравнивать.
moose, transparent

открытая запись

Если хотите спросить меня или других посетителей о чем-то, предложить что-то, поговорить, поделиться итд. - это тут в комментах.

Открытые записи случаются более-менее регулярно раз в две недели по четвергам.

Давайте так. Если вы хотите задать вопросы про коронавирус, сколь угодно сложные или глупые - я не буду ничего стирать, если это высказано вежливо, без перехода на личности и ругани. И постараюсь ответить. Если вы хотите поделиться своей блестящей теорией о том, почему это слабее гриппа - делитесь, но опять-таки в рамках исключительно вежливого общения. Все за пределами этих рамок буду удалять без предупреждений.

Ну и на другие темы тоже можно болтать, если что.
moose, transparent

коронавирус-ссылки: 4

1. Коронавирус в числах. Если вы хотите знать: размер вируса, сколько времени он внедряет себя в клетку, сколько его копий выходит из клетки, и много других чисел, прочитайте это. Потрясающе интересно. Не упустите следующие страницы - там еще подробный FAQ про вирус тоже в русском переводе. Английский оригинал тут, есть и другие языки.
(спасибо xaxam за ссылку)

2. https://www.uchicagomedicine.org/forefront/coronavirus-disease-covid-19/uchicago-medicine-doctors-see-truly-remarkable-success-using-ventilator-alternatives-to-treat-covid19

UChicago Medicine doctors see 'truly remarkable' success using ventilator alternatives to treat COVID-19

В Чигако вместо ИВЛ пользуются канюлями высокого потока (это не то же самое, что обычные канюли с кислородом, другое устройство) и утверждают, что выходит намного лучше. Главная проблема с использованием такого метода - это что вирус выходит в воздух комнаты мелким спреем-аэрозолем, очень опасным. Если есть защитные средства высшего стандарта для врачей и медсестер, палаты с отрицательным давлением итп., тогда можно пользоваться этим. Не знаю, насколько будут и насколько доверять этой новости, но думаю, реаниматологи будут следить за этим методом и пробовать.

3. https://covid.scumm.it/

Статистика по смертям в 2020-м в сравнении с другими годами, по тем странам, которые в последние недели стали пытаться эту статистику выдавать. Обратите внимание, что данные часто неполные, особенно за последние дни. На странице каждой страны есть ссылка на исходные данные.

4. https://wwwnc.cdc.gov/eid/article/26/8/20-1274_article

Еще одно исследование конкретного заражения, на этот раз в Южной Корее. Из 216 работников колл-центра на 11 этаже офисного здания заразило около 40%; но как видно по диаграмме, на самом деле заразилось намного больше половины в одном крыле этажа, и мало кто в другом. Любопытно, что на других этажах этого здания нашли 3 зараженных, видимо, через контакт в лифте и в лобби с работниками 11 этажа. Это как бы и плохо (в лифте/лобби можно заразиться) и хорошо (очень мало таким образом перетекло в сравнении с огромным охватом на этаже).



5. https://www.cincinnati.com/story/news/2020/04/19/coronavirus-ohio-more-than-1-800-inmates-marion-correctional-test-positive/5163046002/

73% зараженных из всех заключенных в одной тюрьме в Огайо. Семьдесят три процента!! (сравните с 20% на знаменитом круизном лайнере The Diamond Princess).

6. https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.04.17.20061440v1.full.pdf

Presence of SARS-CoV-2-reactive T cells in COVID-19 patients and healthy donors

Из Германии. Очень интересное исследование Т-лимфоцитов, иммунных клеток, реагирующих на коронавирус (это не антитела как таковые, антитела вырабатываются другим видом иммунных клеток, B-лимфоцитами). Такие лимфоциты нашли у 83% больных COVID-19, а также у 34% здоровых людей, вообще никак не связанных с коронавирусом (у них не было антител). Похоже на то, что иммунитет от старых человеческих коронавирусов (тех, безобидных, вызывающих простуду) может помогать от SARS-CoV-2 за счет работы T-лимфоцитов. Если это верно, это может объяснить асимптоматическое течение болезни у многих людей.
moose, transparent

коронавирус-ссылки: 3

Кое-что из интересного за последние дни.

  1. Рассказ переболевшей ковид-19 в Москве, один из многих в последнее время. Довольно интересно.
    Хочу процитировать из предыдущей записи, когда она писала о ковид-19 у своей матери (та переболела намного легче дочки в итоге) и еще не знала, что сама заразилась: "Нет, у меня ОРВИ, по мнению врачей, так как 5 анализов отрицательных, жду следующий." Что-то странное происходит в России с тестами, кажется.

  2. https://wwwnc.cdc.gov/eid/article/26/7/20-0764_article

    COVID-19 Outbreak Associated with Air Conditioning in Restaurant, Guangzhou, China, 2020

    Проследили конкретный пример заражения коронавирусом в ресторане в Китае. В зале сидели три семьи за
    тремя столами в ряд, за средним столом сидел зараженный. От него заразились два других стола. Кондиционер
    дул вдоль этого ряда столов и потом поток воздуха возвращался обратно, предполагается, что таким образом
    капли с вирусом пролетели достаточно далеко. В общей сложности в тот же день в этом зале обедали 83 человека
    (не сказано, сколько из них одновременно с зараженным), заболели только с этих двух соседних столов. В общем,
    это некоторый намек на то, что аэрозольного распространения нет, мне кажется - а только через большие капли,
    которые недолго держатся в воздухе и летят недалеко.

    Там есть красивые диаграммы. Таких исследований надо побольше.

  3. https://academic.oup.com/jid/article/doi/10.1093/infdis/jiaa152/5814216

    Human Challenge Studies to Accelerate Coronavirus Vaccine Licensure

    Предлагают ускорить самую долгую третью фазу проверки вакцин (когда вкалывают вакцину или плацебо двум большим
    группам людей, и ждут, чтобы они естественным образом заразились/не заразились коронавирусом) с помощью human challenge
    studies, т.е. осознанноe и добровольноe подвержение вирусу людей из низкой группы риска, с вакциной или без. Такой
    протокол лежит за пределами этических норм современной медицины, но авторы утверждают, что в ситуации пандемии итд.
    Интересно в частности тем, что это не блог и не фрический сайт, а вполне себе статья в уважаемом научном журнале.

  4. https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.04.17.20053157v1

    Более подробное (чем было раньше) описание того, как в крохотном итальянском городке Vo всех нафиг протестировали и остановили
    заразу. Первая проверка показала 2.6% носителей вируса, их изолировали, всех на карантин, вторая проверка через пару недель -
    1.2%.

  5. https://www.facebook.com/olesya.klintsova/posts/10219010536792658

    #скучающий флешмоб. Подборка фотографий работников всяких музеев, магазинов, концерных залов итд., держащих плакаты с грустным
    осознанием того, что никто больше не задает идиотские вопросы, не теряет номерки, не сует пальцы в клетку,
    не ищет книгу "Горе о туман" Грибоедова (!!!) итд. Как-то очень понравилось.

  6. https://zhurnalkim.com/?p=2490

    "Итог парламентских выборов: полный разгром оппозиции"

    Про выборы в Корее. Вообще никакого отношения к коронавирусу, просто интересно. О том, как обе большие партии в Южной Корее
    выставили помимо себя самих две фейковые "маленькие" партии, чтобы использовать особые условия проведения выборов.

  7. https://statmodeling.stat.columbia.edu/2020/04/19/fatal-flaws-in-stanford-study-of-coronavirus-prevalence/

    Разгромная критика Эндрю Гельманом (очень авторитетным статистиком) статьи из Стэнфорда, которая мерила антитела в Силиконовой долине
    и намерила 1.5%, в 50-85 раз больше ожидаемого (учитывая очень малое кол-во случаев на то время там). Главная проблема в том, что если
    вы измеряете что-то редкое, специфичность вашего теста (процент ложноположительных результатов) играет очень важную роль, и в данном случае
    все 50 положительных ответов из 3300 очень легко могли быть ложноположительными, что авторы статьи не осознали как следует, потому что
    торопились и плохо статистику обдумали, как-то так. Не очень ясно, насколько можно верить в данном случае заявленной производетелем
    специфичности.

    С тех пор вчера появилась еще статья на ту же тему про Лос-Анджелес, там нашли даже больше, 4%. Это заметно лучше с точки зрения проблем
    специфичности, но все равно остаются вопросы: http://archive.vn/zZWQD https://statmodeling.stat.columbia.edu/2020/04/20/more-coronavirus-testing-results/

  8. Немного теории заговора про искусственное происхождение вируса или его побег из лаборатории в Ухани. Две очень подробные ссылки, которые советую читать,
    только если вам реально интересна эта тема, и не доверять слепо ни одному утверждению или объективности авторов.

    https://project-evidence.github.io/ - по-английски. В основном о том, как часто вирусы сбегают из лабораторий и как много всякого намекает на это в данном случае.

    https://habr.com/ru/post/497956/ - по-русски. С подробным анализом генома и белков SARS-CоV-2 и других коронавирусов, стремится показать, что вполне возможно он был создан специально в лаборатории. Очень очень длинная работа, редкая птица долетит до ее середины. При всей моей неприязни к теориям заговора и конкретно к этой, хочется сказать, что автор сделал огромную работу, подробно рассказал о куче всего интересного с картинками и графиками, и в целом я (не эксперт!) никакого фричества, лжи, сознательных искажений итд. у него не заметил. Главная больная точка (которую он не упоминает, что странно и немного подозрительно) - это что вариант RaTG13, на 96% совпадающий с SARS-CoV-2, все-таки совпадает с ним... всего лишь на 96%; это кажется много, но учитывая типичную скорость мутирования коронавирусов, между ними скорее всего десятки лет эволюции от общего предка. Вариант "взяли летучемышиный RaTG13, приделали к нему отрывок из панголинского вируса, обнаруженного в другом месте в 2019-м, вставили цепочку для расщепления фурином и наконец добавили кучу случайных мутаций, соответствующую десяткам лет эволции" кажется более чем безумным, и естественное происхождение остается, мне кажется, несравнимо более убедительным (P.S. Панчин на ту же тему: https://scinquisitor.livejournal.com/175580.html)

  9. Шведы выложили полную статистику смертей (от всех случаев) за 2015-2020, до 14 апреля этого года. Кто хочет исследовать итд., вперед. Последние несколько дней скорее всего неполные.
moose, transparent

открытая запись

Если хотите спросить меня или других посетителей о чем-то, предложить что-то, поговорить, поделиться итд. - это тут в комментах.

Открытые записи случаются более-менее регулярно раз в две недели по четвергам.

Как и в прошлый раз две недели назад, сегодня вечером, в 22:00 по Израилю (22:00 Москва, 20:00 Лондон, 15:00 Нью-Йорк), буду сидеть в Зуме по адресу https://us02web.zoom.us/j/83601547459, в течение часа или больше, по обстоятельствам. Если хотите меня о чем-то спросить или просто поговорить, заходите. Знакомство необязательно. В прошлый раз мы в основном болтали о коронавирусе и любимых книгах.
moose, transparent

коронавирус: несколько ссылок-2

Ссылки, которые мне показались интересными за последнюю неделю-две. В основном по-английски. Добавляйте, если есть желание.


  1. https://aatishb.com/covidtrends/. Очередной сайт графиков, но с несколько другой методологией, которая мне нравится. По-моему, отчетливо показывает, когда именно та или иная страна сходит с экспоненты (ось X это не время, а общее кол-во случаев, обратите внимание).

  2. https://www.tillett.info/2020/04/05/a-solution-to-covid-19/

    Интересное предложение вирусолога (но не знаменитого какого-то) о том, как можно попытаться справиться быстрее вакцины. Вирус все время мутирует, и есть уже сотни известных геномов разных вариантов. Почти наверняка out there должен быть практически безобидный вариант SARS-CoV-2, который такой же заразительный, как и оригинал. Это известно из теории и практики (смертельные вирусы часто мутируют в менее вредные, им это выгоднее с эволюционной точки зрения). Предлагается найти эпидемиологическим способом такой безвредный вариант, исследовать его, подтвердить, что болезнь протекает асимптоматически или с супер слабыми симптомами, и банально всех заразить, как вакциной. Это звучит страшновато, но я угрубляю реторики ради, он там подробнее объясняет. Если вам понравилось, почитайте продолжение с конкретной программой поисков.

  3. https://www.latimes.com/world-nation/story/2020-03-29/coronavirus-choir-outbreak

    Интересная статья о примере "super spreading". 6 марта в Лос-Анджелесе встретился хор (в основном пожилые люди). Они уже опасались немного коронавируса, но в ЛА не было еще ни одного известного случая. Они раздавали алкоджель на входе, соблюдали определенную дистанцию и воздерживались от физического контакта. Только стояли и пели 2.5 часа. Через три недели - из 60 участников 45 заразились, 3 умерло.

  4. https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.04.07.023903v2.full.pdf. Это интересная статья о возможно многообещающем лечении. Антитело, которое известно еще с 2000-х, его выделили у человека, который переболел SARS, хорошо убивает новый коронавирус. Они объясняют, почему: оно как раз цепляется к тому куску S-белка, который НЕ участвует в прицепливании к человеческому рецептору ACE2, и потому не подвергся значительной мутации (этот кусок "outside of the receptor domain"). Вопрос в том, можно ли теперь это антитело размножить и вводить как-то больным COVID-19.

  5. https://www.zdnet.com/article/graph-theory-suggests-covid-19-might-be-a-small-world-after-all/

    Эту статью я реально не понял. Какие-то математики утверждают, что кривая заражений подходит лучше не под экспоненту, а под power law, и основывают это на small world model, т.е. что люди объединяются в тесные кластеры, которые не так тесно соединены между собой. Но я нигде в ней не нахожу, где они учитывают карантин и его влияние на их модель, а без этого не понимаю вообще смысла в этих подстройках. То ли это фигня, то ли я чего-то не понимаю.

  6. SARS-CoV-2 titers in wastewater are higher than expected from clinically confirmed cases

    В общем, люди взяли воду из канализационного стока в Массачусетсе. Посчитали, сколько в ней вирусов. Сравнили для валидации с контрольными сэмплами, которые они периодически берут оттуда и хранят годами (!). И через грубую оценку того, сколько людей, извините, срали в этот период и в каких количествах и сколько у больных людей вирусов в экскрементах, пытаются оценить процент зараженных людей. Понравилось.

  7. https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa2006100

    Свежие данные из Исландии, где делали и делают очень много тестов. Подробная и очень интересная статья, в частности там есть результаты тестов случайной выборки населения (но на вирус, не на антитела), которая показала 0.6% с вирусом. При этом ни у одного ребенка младше 10 лет не обнаружили вирус. Это может свидетельствовать о том, что дети не просто легче переносят коронавирус, когда заражаются (это давно известно), но кроме того намного реже заражаются, чем взрослые. Если это так (подчеркну, что это только одна статья, небольшая выборка и даже близко нельзя говорить об этом с уверенностью), то может быть школы и детские сады не являются значительным вектором заражения, и можно будет открыть их раньше, чем другие публичные места.
moose, transparent

маски и ссылки

Как все быстро происходит. Пару дней назад я писал "маски, маски, маски", не надеясь на то, что у нас в Израиле это произойдет, и вот сегодня вечером Нетаниягу выступил и сказал, что просят у всех выходящих на улицу одевать маску или, если нет, шарф, что угодно еще - прикрывать нос и рот. Я очень рад, хотя лучше бы было требовать, а не просить, с штрафом за невыполнение, пока не кончилась пандемия. В американских газетах вчера и сегодня появляются статьи о том, что может быть настоятельные рекомендации ВОЗ не носить маски - глупость, и надо учиться у азиатов. Такое впечатление, что внезапно эта тема пробилась в топ общественного сознания.

Все должны быть в масках. Там, где их нехватка - сделать из бумажных полотенец, из старой рубашки, шарф, что угодно еще. Хорошо бы, чтобы возникла социальная норма на время пандемии: быть без маски на улице это как быть без штанов. Человек в маске - мой друг. Я в маске и он в маске. Я не заражаю его и он не заражает меня. Вместе мы боремся с коронавирусом. Так победим.

Несколько ссылок про маски и не только: